虽然混合印刷技术相比过去有了较大飞跃，但仍存在一些技术瓶颈，制约其在国内的实际应用。
首先，喷墨头与设备的匹配性仍须改善。据柯达（中国）投资有限公司技术支持王华介绍，混合印刷解决方案对喷墨头的安装位置有一定的要求，喷墨头应与纸张保持垂直或接近垂直，同时其应与纸张保持一定的距离，若单张纸胶印机上安装的喷墨头与纸张距离太近，在调整纸张时就容易碰到喷墨头，严重的话会造成喷墨头的损坏，所以目前并不是所有的传统胶印设备都能安装喷墨头。
其次，适用的耗材范围仍须拓展。杭州电子科技大学特聘教授王强指出，一方面混合印刷技术中所用的喷墨头只能使用特定的墨水，喷墨头与墨水的绑定让印刷企业处于被动状态；另一方面，虽然混合印刷技术所适用的承印材料范围有所扩大，但依然难以完全满足市场需求。
再次，喷墨头的更换复杂也是制约混合印刷发展的原因之一。王强教授认为，目前混合印刷解决方案中的喷墨头还无法做到即插即拔，当喷墨头损坏时，喷墨头的更换比较困难，这不仅会影响企业的生产，还会增加企业的生产成本。
